物质循环受阻：土壤微生物在碳、氮、磷等元素的循环中起着关键作用。例如，细菌和真菌参与有机物的分解，将复杂的有机物质转化为简单的无机物质，释放出养分供植物吸收。微生物多样性降低会使分解过程减缓，物质循环效率降低，导致土壤中养分的释放和转化受阻。

生态系统稳定性下降：丰富的微生物多样性有助于增强生态系统对环境变化的抵抗力和恢复力。当微生物多样性减少时，生态系统更容易受到外界干扰的影响，如干旱、高温、病虫害等，且在受到干扰后恢复到稳定状态的能力也会减弱。

养分供应不足：许多土壤微生物与植物存在共生关系，如根瘤菌与豆科植物共生固氮，菌根真菌帮助植物吸收磷等养分。微生物多样性受影响，这些有益微生物的数量和功能可能下降，植物可获取的养分减少，生长受到限制，导致农作物产量降低、质量下降，影响农业生产。

植物病害增加：微生物多样性降低可能打破土壤中有益微生物和有害微生物之间的平衡，使有害微生物更容易滋生和传播，引发植物病害，如土传真菌病害、细菌病害等，进一步影响植物的生长发育，甚至导致植物死亡。