肥料类

• 氮肥：如尿素，大量研究表明，施用尿素通过影响土壤和植物调节土壤细菌与真菌多样性和组成。施用尿素会降低农田（除水稻田、水稻 - 小麦田）土壤细菌多样性，增加富营养类群细菌，减少寡营养细菌类群，增加腐生真菌与病原真菌的相对多度，降低菌根真菌的相对多度。

• 有机肥：李东坡等以东北地区黑土为研究对象，对玉米生长季土壤微生物生物量碳进行动态研究，结果发现施用有机肥的土壤，其微生物生物量碳显著高于施用化肥和不施肥的土壤。

农药类

• 除草剂：Novka 等研究发现除草剂与土壤微生物量呈负相关性，尤其是在水热条件不好的情况下，增加除草剂的量和多次使用会使土壤微生物量减少，从而使土壤微生物群落结构发生改变。

• 杀菌剂：Sigler 和 Turco 对杀菌剂百菌清在草坪、森林和农业土壤上的应用进行研究，结果表明百菌清使土壤细菌和真菌的群落结构都发生了改变。

土壤改良剂类

• 腐植酸：腐植酸能够影响土壤中微生物的数量和多样性。研究表明，腐植酸和肥料配合施用增加了甘蔗种植条件下根际土壤中细菌、真菌和放线菌数量，且随着腐植酸添加量的增加，各种微生物数量均呈现先增加后降低的趋势。

其他物质

• 重金属：土壤中的重金属如汞、镉、铅、铬等，会对土壤微生物产生毒性作用，抑制微生物的生长、繁殖和代谢活动，进而改变微生物群落结构和多样性。例如，高浓度的汞会使土壤中细菌、真菌和放线菌的数量减少，降低土壤微生物的活性和多样性。

• 植物根系分泌物：植物通过根系向土壤中分泌各种有机化合物，如糖类、蛋白质、有机酸、酚类等，这些分泌物可以为土壤微生物提供营养物质和能量来源，吸引特定种类的微生物在根际周围聚集，从而影响土壤微生物的群落结构和多样性。不同植物种类以及同一植物在不同生长阶段分泌的根系分泌物成分和数量不同，对土壤微生物多样性的影响也有所差异。