成本方面：通常甲醇的单价相对较低，以万 COD 当量的单价来衡量，具有一定价格优势。但甲醇价格会受市场供需影响，如冬季采暖用甲醇量增加时，单价可能上升。复合碳源单价一般高于甲醇，不过其微生物利用率较高，投加量相比传统碳源可减少，有资料称能节省 50% 的碳源用量。综合来看，虽然甲醇单价低，但在实际应用中，复合碳源因投加量少，整体成本可能与甲醇相当甚至更低。

处理效果方面：甲醇作为碳源时，反硝化速率比葡萄糖快，但微生物对甲醇的响应时间较慢，且并非所有微生物都能利用甲醇。复合碳源含有细菌促进剂和活化剂，可提升微生物密度与活性，反硝化速率能提升 30% 以上，驯化时间也较短，一般只需 3-7 天，相比普通碳源或醋酸钠的 10-15 天大幅缩短。

安全与管理方面：甲醇是甲类危化品，储存和使用有严格要求，需要专门的储存设施和安全措施，运输也受到公安部门严格监管，安全管理成本较高。复合碳源一般为非危险性、无毒产品，存储和运输相对简单，管理成本较低。